Renaud Vanhoutreve

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Thèse

TITRE DE LA THÈSE : Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé

RESPONSABLES DE LA THÈSE : Pierre COLLET, Julie THOMPSON (co-encadrement)

ÉCOLE DE RATTACHEMENT DU RESPONSABLE DE LA THÈSE : Télécom Physique Strasbourg, ICube

ÉQUIPE D’ACCUEIL DE LA THÈSE : Bioinformatique théorique, Fouille de données et Optimisation stochastique, 100%

MOTS CLÉS : informatique, évolution artificielle, programmation génétique, calcul scientifique massivement parallèle, bioinformatique, séquençage génomique, analyse de séquences, maladies génétiques humaines, mutations génétiques, ...

RÉSUMÉ EN 15 LIGNES : Les technologies de séquençage du génome à haut débit (NGS) sont utilisées pour approfondir notre compréhension de la santé et des pathologies humaines. Pour extraire des connaissances biomédicales, de nouveaux traitements informatiques sont maintenant indispensables. Dans ce contexte, les alignements multiples de séquences (MSA) permettent d’identifier des caractéristiques importantes (gènes, sites fonctionnels…) ainsi que les variations entre individus, familles ou populations. Notre objectif est de développer une approche MSA pluridisciplinaire : i) exploitation des connaissances biologiques existantes, ii) fouille de données pour extraire de nouvelles informations, iii) optimisation évolutionnaire multi-objective, pour fournir des solutions globaux multicritères. Les améliorations attendues devraient permettre une meilleure caractérisation des mutations génétiques et leurs implications fonctionnelles et phénotypiques. Les méthodes développées dans cette thèse seront validées dans des études sur les maladies génétiques rares (avec Laboratoire de Génétique Médicale, Strasbourg ; Institut de la Vision, Paris ; Association Française contre les Myopathies). Les perspectives futures comprennent un diagnostic plus précoce et plus précis, le développement de nouveaux médicaments et une médecine plus personnalisée.

Enseignement

Semestre automne (01/09/2013-01/02/2014)

L3 mathématiques : Structures de données. (TD/TP)

L2 informatique : Architecture des ordinateurs (TD/TP)

64h d'enseignement au total.

Contact

Courriel : vanhoutreve <at> unistra <dot> fr

Téléphone interne : 53 298

Téléphone : (+33|0) 3 688 <téléphone interne>