Ahmed Ahmed

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Recherche

Développement de bases de données biologiques, application des codes circulaires identifiés dans les gènes, recherche de motifs primitifs dans des génomes de bactérie, archaea et humain.

Thèse

Analyse et modèles d'évolution des chromosomes humains

Le séquençage du génome humain est en voie d'achèvement, c'est-à-dire sa détermination des 3,2 milliards de lettres (bases) dans les 23 paires de chromosomes. Le nombre de gènes humains estimé est de l'ordre de 30000 et représente environ 3% du génome.

Le premier objectif de cette thèse consistera à identifier des motifs préférentiels se distribuant dans les 3 phases des gènes pour chaque chromosome humain. Cette approche nécessitera le développement d'algorithmes du texte et de méthodes statistiques sensibles à partir de travaux récemment publiés.

Le deuxième objectif de cette thèse concernera le développement de modèles d'évolution des chromosomes humains à partir des motifs précédemment identifiés. Dans une première phase, il s'agira de reconstituer l'histoire évolutive de chaque chromosome, c'est-à-dire de proposer des motifs et gènes ancestraux et de déterminer les types et taux de mutation. Dans une deuxième phase, un modèle d'évolution globale des 23 chromosomes, c'est-à-dire un modèle d'évolution du génome humain, devrait pouvoir être proposé. Ces modèles d'évolution reposeront sur des travaux récents de résolution d'équations d'évolution dans le cadre linéaire ou non linéaire où les paramètres de mutation dépendent du temps.

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Ahmed Ahmed
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courriel : ahmed@dpt-info.u-strasbg.fr